Criada em 14 de outubro de 2003 e oficializada através da Lei Municipal Nº 2.099/2003, a Área de Proteção Ambiental do Morro do Gragoatá (APA do Gragoatá) possui 9 hectares e localiza-se no Campus da Universidade Federal Fluminense, com fundos para a Baía de Guanabara, no Bairro Gragoatá.

Inicialmente a área foi estabelecida como Área Especial de Interesse Ambiental (AEIA) através do Plano Diretor de 1992 (Lei Municipal Nº 1.157/1992) e posteriormente mantida como tal no Plano Urbanístico da Região Praias da Baía (Lei Municipal Nº 1.967/2002) a fim de deter processos de degradação, sendo categorizada como APA posteriormente.

Por estar inserida em local de grande pressão antrópica sua história é marcada por conflitos entre a floresta e a cidade. Nos anos 1970 e 1980 houve grande desmatamento no local, levando à diminuição do Morro para a construção de parte do Campus da Praia Vermelha da Universidade Federal Fluminense e criação da Orla do Gragoatá/Boa Viagem.

O nome Morro do Gragoatá está relacionado à espécie vegetal Bromelia pinguin, também conhecida como gravatá, abundante na região.

A Área de Proteção Ambiental das Lagunas e Florestas de Niterói foi criada através da Lei Municipal nº 1.157/1992, no escopo do Plano Diretor, a fim de proteger e melhorar a qualidade ambiental dos sistemas naturais e proporcionar um adequado desenvolvimento urbano da área,em substituição à Área de Proteção Ambiental das Lagunas de Piratininga e Itaipu que não contemplava os fragmentos florestais e determinadas áreas costeiras.

Contabilizando uma área de aproximadamente 8.687 hectares e representando a maior unidade de conservação de Niterói, a APA abrange três regiões do município, a saber: Região de Pendotiba, Região Leste e Região Oceânica e áreas insulares. 

A importância ambiental desta APA no município se deve por englobar diversos ecossistemas de Mata Atlântica como manguezais, lagunas, restingas e matas de encosta.