A APA do Morro do Morcego foi criada pela Lei nº 1.967 de 04 de abril de 2002. O local teve sua área originalmente ocupada por povos indígenas e, posteriormente, passou a ser habitado por militares durante o período de invasões europeias no século XVII até a atualidade, dada a posição avantajada frente a entrada da Baía de Guanabara. Além disso, foi cenário da guerra originada pela chegada dos colonizadores e de diversas outras batalhas e revoltas ao longo da história. 

Abriga um complexo arquitetônico imponente e grandioso, de construções militares e coloniais, que abrange a Fortaleza de Santa Cruz, a Capela de Santa Bárbara, o Forte do Pico e o Forte Barão do Rio Branco, todas dotadas de pujantes e assombrosas estruturas e marcas do histórico poderio militar. Conforme informações do IPHAN (Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional), na fortaleza funcionou um dos maiores presídios do Brasil, tendo feito prisões políticas e torturas do período colonial até o fim do regime militar. As instalações atualmente estão abertas à visitação guiada.

A área também possui histórica ocupação por comunidades de pescadores artesanais. A eles é vinculada a Igreja de São Pedro, que também integra a área de preservação. As praias tombadas de Adão e Eva são livres de ocupação, tendo sido frequentadas exclusivamente por pescadores durante muito tempo. O local passou a ser visitado por banhistas após a abertura da via de acesso às praias em 1943.

Em 2002, tornou-se Área de Proteção Ambiental (APA) pelo município de Niterói em consideração aos seus elementos arquitetônicos, urbanísticos, paisagísticos e por sua notável beleza cênica, passando a compor um corredor ecológico junto ao Morro da Viração (PARNIT). A APA abrange as praias de Adão, Eva, do Canal, de Jurujuba, de Fora e da Várzea, assim como os Morros do Morcego, do Macaco, do Pico e do Ourives.

A Área de Proteção Ambiental das Lagunas e Florestas de Niterói foi criada através da Lei Municipal nº 1.157/1992, no escopo do Plano Diretor, a fim de proteger e melhorar a qualidade ambiental dos sistemas naturais e proporcionar um adequado desenvolvimento urbano da área,em substituição à Área de Proteção Ambiental das Lagunas de Piratininga e Itaipu que não contemplava os fragmentos florestais e determinadas áreas costeiras.

Contabilizando uma área de aproximadamente 8.687 hectares e representando a maior unidade de conservação de Niterói, a APA abrange três regiões do município, a saber: Região de Pendotiba, Região Leste e Região Oceânica e áreas insulares. 

A importância ambiental desta APA no município se deve por englobar diversos ecossistemas de Mata Atlântica como manguezais, lagunas, restingas e matas de encosta.