As Áreas de Proteção Ambiental (APAs) se enquadram no grupo das unidades de conservação de uso sustentável, contemplando terras públicas ou privadas. De acordo com o Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC), permitem certo grau de ocupação humana e tem como objetivos básicos proteger a diversidade biológica, disciplinar o processo de ocupação e assegurar a sustentabilidade do uso dos recursos naturais.

A Área de Proteção Ambiental das Lagunas e Florestas de Niterói foi criada através da Lei Municipal nº 1.157/1992, no escopo do Plano Diretor, a fim de proteger e melhorar a qualidade ambiental dos sistemas naturais e proporcionar um adequado desenvolvimento urbano da área,em substituição à Área de Proteção Ambiental das Lagunas de Piratininga e Itaipu que não contemplava os fragmentos florestais e determinadas áreas costeiras.

Contabilizando uma área de aproximadamente 8.687 hectares e representando a maior unidade de conservação de Niterói, a APA abrange três regiões do município, a saber: Região de Pendotiba, Região Leste e Região Oceânica e áreas insulares. 

A importância ambiental desta APA no município se deve por englobar diversos ecossistemas de Mata Atlântica como manguezais, lagunas, restingas e matas de encosta.